La CNAMTS est un établissement public national à caractère administratif soumis à une double tutelle : celle du ministère chargé de la Sécurité sociale et celle du ministère de l'Économie et des Finances. La CNAMTS définit les politiques de gestion du risque et pilote le réseau d'organismes chargés de les appliquer. Elle met en œuvre le parcours de soins coordonnés en plaçant le médecin traitant au cœur du système. Elle veille à l'équilibre des dépenses avec les ressources publiques qui lui sont affectées.