Le CHS Saint-Ylie Jura assure les prises en charges de santé mentale pour tout le département du Jura. A cet effet, l'établissement déploie sur le territoire jurassien des unités d'hospitalisation complète, des hôpitaux de jour, des centres médico-psychologiques, des centres d'activités thérapeutiques à temps partiel, des équipes mobiles, à destination des adultes, des enfants et adolescents, grâce à une organisation en 4 pôles de psychiatrie adultes, 2 secteurs de pédo-psychiatrie et un intersecteur de géronto-psychiatrie.
Le CHS Saint-Ylie Jura est établissement partie du GHT Centre Franche-Comté depuis le 1er janvier 2020.
Le CHS dispose également d'une offre médico-sociale, avec un établissement d'hébergement pour personnes âgées dépendantes et un Foyer de Vie pour adultes déficitaires.
Afin d'harmoniser les parcours de vie des patients, le CHS Saint-Ylie Jura est en direction commune avec deux EHPAD, un établissement pour personnes handicapées du bassin dolois disposant de structures adaptées (SESSAD, IME, MAS, Foyers de vie,...)et un autre établissement sanitaire (CH Novillars).
Soucieux de développer des offres de soin spécialisées au plus près de la population, le CHS est engagé dans de nombreux partenariat, en particulier avec le réseau Addictologie franc-comtois, les plateformes de coordination en santé mentale du Jura et du Doubs et le dispositif pilote de prévention secondaire du suicide Vigilan'S 39.