Nommé par le ministre de la Santé, conjointement avec le ministre de la Recherche pour les CHU, après consultation du président du conseil de surveillance, le directeur est le représentant légal de l'établissement, dont il assure la gestion et la conduite générale. Il a autorité sur l'ensemble du personnel, ordonne les dépenses et les recettes et est responsable du bon fonctionnement de tous les services.